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昨年のいわゆる長崎年金訴訟の最高裁判決を受けて、減額更正等の対象とならない年分の所得税についての救済措置等が新設された。
最高裁判決では、相続税の対象となった生命保険年金の受給権に基づいて受け取った保険年金に所得税を課税することが二重課税に当たるとされたが、改正法では、平成12年分以後の年分について、所得税が課税されない部分に対応する所得税相当額を「特別還付金」として支給することが定められた。これは、更正の請求あるいは税務署長による減額更正が可能な期間を経過している年分の所得税を還付することに代えて講じられたもので、この特別還付金は課税の対象とはしないこととされている。
特別還付金の支給対象となる者は、1年以内に「特別還付金請求書」を提出して支給を受けることになる。
また、年金関係では、現在源泉徴収の対象とされている生命保険年金について、年金の支払いを受ける者と保険契約者が異なる一定の契約については、源泉徴収の対象から除外することが定められたほか、相続財産である預貯金や株式等については、利息や配当が実現した段階で相続人が相続開始前から引続き有していたものとして課税することが明らかにされた。相続税評価に当たって、相続開始時までの利息相当額や配当期待権を被相続人の相続財産に加算することとしている取扱いは現行どおり改正されない見込みである。
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