特定非常災害の被害者の権利利益の保全等を図るための特別措置に関する法律第2条第1項の規定により特定非常災害として指定された非常災害（以下この条において「特定非常災害」という。）の被災者である事業者（消費税法第2条第1項第4号に規定する事業者をいう。以下この条において同じ。）（以下この条において「被災事業者」という。）で被災日（事業者が被災事業者となつた日をいう。以下この条において同じ。）の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第9条第4項の規定の適用を受けようとする者が、同項の規定による届出書を国税庁長官が当該特定非常災害の状況及び当該特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定による申告に関する期限の延長の状況を勘案して別に定める日（以下この条において「指定日」という。）までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日（当該課税期間が同項に規定する事業を開始した日の属する課税期間その他の政令で定める課税期間であつて、かつ、当該届出書が当該課税期間の末日の翌日以後に提出された場合には、当該課税期間の末日）に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
2 消費税法第9条第4項の規定による届出書を提出した事業者が被災事業者となつた場合又は被災事業者が指定日までに当該届出書を提出した場合におけるこれらの事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該届出書の提出により消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間に限る。）に係る同条第5項の規定による届出書の提出については、同条第6項及び第7項の規定は、適用しない。
3 被災事業者で被災日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第9条第4項の規定の適用を受けることをやめようとする者が、同条第5項の規定による届出書を指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同条第4項の規定の適用を受けることをやめようとする課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第8項の規定を適用する。
4 消費税法第12条の2第1項に規定する新設法人又は同法第12条の3第1項に規定する特定新規設立法人が被災事業者となつた場合（当該新設法人又は当該特定新規設立法人が特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定の適用を受けた者でない場合にあつては、この項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を消費税法第12条の2第2項又は第12条の3第3項に規定する基準期間がない事業年度のうち最後の事業年度終了の日と指定日とのいずれか遅い日までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合に限る。）における当該被災事業者に係る被災日の属する課税期間以後の課税期間については、同法第12条の2第2項（同法第12条の3第3項において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
5 被災事業者が、被災日前に高額特定資産の仕入れ等を行つた場合（消費税法第12条の4第1項に規定する高額特定資産の仕入れ等を行つた場合をいう。以下この項及び第8項において同じ。）に該当していた場合（当該被災事業者が特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定の適用を受けた者でない場合にあつては、この項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を当該該当していた場合における高額特定資産の仕入れ等の日（消費税法第12条の4第1項各号に掲げる区分に応じ当該各号に定める日をいう。以下この項において同じ。）の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合に限る。）又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に高額特定資産の仕入れ等を行つた場合に該当することとなつた場合（当該被災事業者が特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定の適用を受けた者でない場合にあつては、この項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を当該該当することとなつた場合における高額特定資産の仕入れ等の日の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合に限る。）における当該被災事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該高額特定資産の仕入れ等を行つた場合に該当することにより消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間に限る。）については、消費税法第12条の4第1項の規定は、適用しない。
6 被災事業者が、被災日前に消費税法第12条の4第1項に規定する高額特定資産である同法第2条第1項第15号に規定する棚卸資産若しくは同項第11号に規定する課税貨物又は同法第12条の4第2項に規定する調整対象自己建設高額資産について同法第36条第1項又は第3項の規定の適用を受けることとなつた場合（以下この項及び第9項において「高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合」という。）（当該被災事業者が特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定の適用を受けた者でない場合にあつては、この項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当することとなつた日の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合に限る。）又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当することとなつた場合（当該被災事業者が特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定の適用を受けた者でない場合にあつては、この項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を当該該当することとなつた日の属する課税期間の末日と指定日とのいずれか遅い日までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合に限る。）における当該被災事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当することにより消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間に限る。）については、消費税法第12条の4第2項の規定は、適用しない。
7 消費税法第12条の2第1項に規定する新設法人又は同法第12条の3第1項に規定する特定新規設立法人が被災事業者となつた場合における当該被災事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間に係る同法第37条第1項の規定による届出書の提出については、同条第3項（第2号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
8 被災事業者が、被災日前に高額特定資産の仕入れ等を行つた場合に該当していた場合又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に高額特定資産の仕入れ等を行つた場合に該当することとなつた場合における当該被災事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該高額特定資産の仕入れ等を行つた場合に該当することにより消費税法第37条第1項の規定の適用を受けることができないこととなる課税期間に限る。）に係る同項の規定による届出書の提出については、同条第3項（第3号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
9 被災事業者が、被災日前に高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当していた場合又は被災日から指定日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当することとなつた場合における当該被災事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該高額特定資産等に係る棚卸資産の調整を受けることとなつた場合に該当することにより消費税法第37条第1項の規定の適用を受けることができないこととなる課税期間に限る。）に係る同項の規定による届出書の提出については、同条第3項（第4号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
10 被災事業者で被災日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第37条第1項の規定の適用を受けようとする者が、同項の規定による届出書を指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日（当該課税期間が同項に規定する事業を開始した日の属する課税期間その他の政令で定める課税期間であつて、かつ、当該届出書が当該課税期間の末日の翌日以後に提出された場合には、当該課税期間の末日）に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
11 消費税法第37条第1項の規定による届出書を提出した事業者が被災事業者となつた場合又は被災事業者が指定日までに当該届出書を提出した場合におけるこれらの事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該届出書の提出により同項の規定の適用を受けることとなる課税期間に限る。）に係る同条第5項の規定による届出書の提出については、同条第6項の規定は、適用しない。
12 被災事業者で被災日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第37条第1項の規定の適用を受けることをやめようとする者が、同条第5項の規定による届出書を指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同条第1項の規定の適用を受けることをやめようとする課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第7項の規定を適用する。
13 被災事業者である適格請求書発行事業者（消費税法第2条第1項第7号の2に規定する適格請求書発行事業者をいい、その課税期間に係る同法第9条第1項に規定する基準期間における課税売上高が1,000万円以下である者に限る。以下この項及び次項において同じ。）が、指定日までに同法第57条の2第10項第1号の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、その提出があつた日の翌日に、同条第1項の登録は、その効力を失う。この場合において、当該適格請求書発行事業者のその提出があつた日の属する課税期間に係る同法第9条第1項及び第15条第6項の規定の適用については、同法第9条第1項中「である者（適格請求書発行事業者を除く。）」とあるのは「である者」と、同法第15条第6項中「の初日において適格請求書発行事業者である場合又は当該課税期間における」とあるのは「における」と、「若しくは」とあるのは「又は」とする。
14 前項の規定は、被災事業者である適格請求書発行事業者が、第3項の届出書を提出した場合について準用する。この場合において、前項中「同法第57条の2第10項第1号の規定による」とあるのは「第3項の」と、「の翌日」とあるのは「に、同法第57条の2第10項第1号の規定による届出書がその納税地を所轄する税務署長に提出されたものとみなし、同日の翌日」と、「のその」とあるのは「の第3項の届出書の」と読み替えるものとする。
15 消費税法第57条の2第11項の規定は、第13項（前項において準用する場合を含む。）の規定により同条第1項の登録がその効力を失つたときについて準用する。この場合において、同条第11項中「第6項の規定による登録の取消しを行つたとき、又は前項」とあるのは「租税特別措置法（昭和32年法律第26号）第86条の5第13項（同条第14項において準用する場合を含む。）（納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例）」と、「取り消された又はその」とあるのは「その」と読み替えるものとする。
16 第10項又は第12項の届出書を提出した被災事業者がその提出前に消費税法第43条第1項各号に掲げる事項を記載した申告書を提出している場合におけるこれらの規定の適用その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
特定非常災害の被害者の権利利益の保全等を図るための特別措置に関する法律第2条第1項の規定により特定非常災害として指定された非常災害（以下この条において「特定非常災害」という。）の被災者である事業者（消費税法第2条第1項第4号に規定する事業者をいう。以下この条において同じ。）（以下この条において「被災事業者」という。）で被災日（事業者が被災事業者となつた日をいう。以下この条において同じ。）の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第9条第4項の規定の適用を受けようとする者が、同項の規定による届出書を国税庁長官が当該特定非常災害の状況及び当該特定非常災害に係る国税通則法第11条の規定による申告に関する期限の延長の状況を勘案して別に定める日（以下この条において「指定日」という。）までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日（当該課税期間が同項に規定する事業を開始した日の属する課税期間その他の政令で定める課税期間であつて、かつ、当該届出書が当該課税期間の末日の翌日以後に提出された場合には、当該課税期間の末日）に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。
2 消費税法第9条第4項の規定による届出書を提出した事業者が被災事業者となつた場合又は被災事業者が指定日までに当該届出書を提出した場合におけるこれらの事業者の被災日の属する課税期間以後の課税期間（当該届出書の提出により消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間に限る。）に係る同条第5項の規定による届出書の提出については、同条第6項及び第7項の規定は、適用しない。
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