租税特別措置法施行令 第25条の10の2 特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例

法第37条の11の3第1項に規定する特定口座内保管上場株式等（以下第25条の10の11まで及び第25条の10の13において「特定口座内保管上場株式等」という。）の譲渡（同項に規定する譲渡をいう。以下第25条の10の11まで及び第25条の10の13において同じ。）による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの特定口座（法第37条の11の3第3項第1号に規定する特定口座をいう。以下第25条の10の11までにおいて同じ。）ごとに、当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等（法第37条の10第2項に規定する株式等をいう。以下第25条の10の10まで及び第25条の11の2において同じ。）の譲渡による事業所得、譲渡所得又は雑所得とを区分して、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする。この場合において、所得税法第37条第1項又は第38条第1項の規定によりその者のその年分の当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費又は取得費に算入する金額の計算に係る同法第48条の規定並びに所得税法施行令第2編第1章第4節第3款及び第167条の7第4項から第7項までの規定並びに第25条の12の3第4項の規定の適用については、次に定めるところによる。

2　前項の場合において、株式等の譲渡をした日の属する年分の一般株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額のうちに同項のそれぞれの特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡の双方に関連して生じた金額（以下この項において「共通必要経費の額」という。）があるときは、当該共通必要経費の額は、これらの所得を生ずべき業務に係る収入金額その他の財務省令で定める基準により当該特定口座内保管上場株式等の譲渡に係る必要経費の額と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡に係る必要経費の額とに配分するものとする。

3　法第37条の11の3第2項に規定する信用取引等に係る上場株式等の譲渡（以下この項及び次項において「信用取引等に係る上場株式等の譲渡」という。）による事業所得の金額又は雑所得の金額の計算は、同条第2項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有するそれぞれの特定口座ごとに、当該特定口座に係る信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得又は雑所得と当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡による事業所得又は雑所得とを区分して、当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得の金額又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする。

4　第2項の規定は、前項の場合において株式等の譲渡をした日の属する年分の一般株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額又は上場株式等の譲渡による事業所得の金額若しくは雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額のうちに同項のそれぞれの特定口座に係る信用取引等に係る上場株式等の譲渡と当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡の双方に関連して生じた金額があるときについて準用する。

5　法第37条の11の3第1項又は第2項の規定の適用を受けようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、金融商品取引業者等（同条第3項第1号に規定する金融商品取引業者等をいう。以下第25条の10の11まで及び第25条の10の13において同じ。）の営業所（同号に規定する営業所をいう。以下第25条の10の11まで及び第25条の10の13において同じ。）において同号の口座を開設する場合には、その口座を開設しようとする金融商品取引業者等の営業所の長に対し、最初に法第37条の11の3第1項の規定の適用を受けようとする同条第3項第2号イからハまでに掲げる上場株式等を当該口座に受け入れる時又は当該口座において最初に同条第2項の規定の適用を受けようとする同項に規定する信用取引等（以下第25条の10の11までにおいて「信用取引等」という。）を開始する時のいずれか早い時までに、特定口座開設届出書（法第37条の11の3第3項第1号に規定する特定口座開設届出書をいう。以下第25条の10の6まで及び第25条の10の9において同じ。）の提出（法第37条の11の3第3項第1号に規定する提出をいう。第24項第2号、次条、第25条の10の5、第25条の10の6及び第25条の10の9第1項において同じ。）をしなければならない。

6　法第37条の11の3第3項第2号に規定する政令で定める上場株式等は、法第29条の2第1項本文の規定の適用を受けて取得をした同項に規定する特定新株予約権に係る上場株式等とする。

7　法第37条の11の3第3項第2号に規定する政令で定める方法は、次に掲げる方法とする。

8　特定口座を開設している居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、当該特定口座に設けられた法第37条の11の3第3項第3号に規定する特定信用取引等勘定において行つた上場株式等の売付けの同条第2項に規定する信用取引につき、当該信用取引の決済を当該上場株式等と同一銘柄の当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の引渡しにより行つた場合には、その特定口座内保管上場株式等の引渡しは同条第3項第2号に規定する金融商品取引業者等への売委託による方法による譲渡に該当するものとみなして、同条から法第37条の11の6までの規定を適用する。

9　法第37条の11の3第3項第2号に規定する政令で定める事項は、次に定める事項とする。

10　法第37条の11の3第3項第2号ロの移管を行う場合には、その開設する特定口座（以下第12項までにおいて「移管先の特定口座」という。）に同号ロに掲げる上場株式等の受入れをしようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、同号ロに規定する他の特定口座（以下この項及び次項において「移管元の特定口座」という。）が開設されている金融商品取引業者等（以下この項及び次項において「移管元の金融商品取引業者等」という。）の営業所の長に対し、当該移管元の特定口座に係る特定口座内保管上場株式等を当該移管先の特定口座に移管することを依頼する旨、移管する特定口座内保管上場株式等の種類、銘柄、数その他の財務省令で定める事項を記載した書類（以下この項及び次項並びに第25条の10の9第5項において「特定口座内保管上場株式等移管依頼書」という。）の提出（当該特定口座内保管上場株式等移管依頼書の提出に代えて行う電磁的方法による当該特定口座内保管上場株式等移管依頼書に記載すべき事項の提供を含む。）をして当該移管元の特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の全部又は一部を当該移管先の特定口座に移管することを依頼しなければならないものとし、当該依頼を受けた移管元の金融商品取引業者等の営業所の長は、当該依頼に係る特定口座内保管上場株式等の全てを、振替口座簿又は国外におけるこれに類するものに記載又は記録をして、当該移管先の特定口座に移管しなければならないものとする。

11　前項の場合において、同項の移管元の金融商品取引業者等の営業所の長は、その移管の際、移管先の特定口座を開設する金融商品取引業者等（以下この項において「移管先の金融商品取引業者等」という。）の営業所の長に次の各号に掲げる書類又は電磁的記録の送付（当該書類の送付に代えて行う電磁的方法による当該書類に記載すべき事項の提供を含む。以下この項において同じ。）又は送信をするとともに、前項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者に第2号イ及びロに掲げる事項その他財務省令で定める事項を書面により通知をしなければならない。この場合において、当該移管先の金融商品取引業者等の営業所の長は、当該各号に掲げる書類又は電磁的記録の送付又は送信がない場合には、同項の特定口座内保管上場株式等の移管を受けないものとする。

12　法第37条の11の3第3項第2号ロの移管により特定口座内保管上場株式等を受け入れた移管先の特定口座において当該受入れの後にその受け入れた特定口座内保管上場株式等と同一銘柄の特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合における当該同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算及びその譲渡をした特定口座内保管上場株式等の所有期間の判定については、次に定めるところによる。

13　次項第10号に規定する株式交換により取得をした同号の株式交換完全親法人の株式（上場株式等に該当するものに限る。）若しくは同号に規定する親法人の株式（上場株式等に該当するものに限る。）若しくは同号に規定する株式移転により取得をした同号の株式移転完全親法人の株式（上場株式等に該当するものに限る。）、同項第10号の2に規定する合併等により取得した同号に規定する合併法人等新株予約権等のうち株式交換若しくは株式移転により取得したもの（上場株式等に該当するものに限る。）、同項第11号に規定する取得条項付株式の取得事由の発生（所得税法第57条の4第3項第2号に定める取得事由の発生に限る。）若しくは次項第11号に規定する全部取得条項付種類株式の取得決議（同条第3項第3号に定める取得決議に限る。）により取得をした次項第11号の上場株式等、同項第16号の金融商品取引業者から返還された上場株式等又は同項第23号に規定する持株会契約等に基づき取得した上場株式等については、同項第10号の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者が当該株式交換完全親法人の株式若しくは当該親法人の株式若しくは当該株式移転完全親法人の株式の取得の基因となつた同号の特定口座内保管上場株式等の取得をした日、同項第10号の2の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者が当該合併法人等新株予約権等の取得の基因となつた同号に規定する旧新株予約権等の取得をした日、同項第11号の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者が同号の取得条項付株式若しくは全部取得条項付種類株式の取得をした日、同項第16号の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者が当該金融商品取引業者に貸し付けた特定口座内保管上場株式等の取得をした日又は同項第23号に規定する持株会等口座から同号の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者の特定口座に振替の方法により受け入れた日を第11項第2号ロに規定する取得日とみなして、同項（第17項において準用する場合を含む。）及び前項第2号（第18項において準用する場合を含む。）の規定を適用する。

14　法第37条の11の3第3項第2号ハに規定する政令で定める上場株式等は、次に掲げる上場株式等とする。

15　前項第3号の上場株式等（以下この項において「相続上場株式等」という。）につき同号の移管を行う場合には、同号の金融商品取引業者等に開設している特定口座に相続上場株式等の受入れをしようとする居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、当該金融商品取引業者等の同号に規定する相続等口座を開設している営業所（以下この項において「移管元の営業所」という。）の長に対し、相続上場株式等移管依頼書（当該相続口座に係る相続上場株式等を当該特定口座に移管することを依頼する旨、移管する相続上場株式等の種類、銘柄、数その他の財務省令で定める事項を記載した書類をいう。以下この項及び第25条の10の9第5項において同じ。）の提出（当該相続上場株式等移管依頼書の提出に代えて行う電磁的方法による当該相続上場株式等移管依頼書に記載すべき事項の提供で、その者の住所等確認書類（住民票の写しその他の財務省令で定める書類をいう。）の提示又はその者の特定署名用電子証明書等（法第37条の11の3第4項に規定する署名用電子証明書等のうち財務省令で定めるものをいう。）の送信と併せて行われるものを含む。以下この項において同じ。）をして当該相続上場株式等の全部又は一部を当該特定口座に移管することを依頼しなければならないものとし、当該移管元の営業所の長は、当該依頼に係る相続上場株式等の全てを、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者に交付せずに、当該相続等口座から当該特定口座に直接移管する方法又は当該特定口座への振替の方法により移管しなければならないものとする。この場合において、当該相続上場 株式等の取得が贈与によるものであるときは、その提出をする相続上場株式等移管依頼書（電磁的方法により提供された当該相続上場株式等移管依頼書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）に当該相続上場株式等が贈与により取得したものである旨を証する書類として財務省令で定める書類を添付しなければならないものとし、当該相続上場株式等が相続等一般口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該口座に保管の委託がされていたものであるときは、その提出をする相続上場株式等移管依頼書に同号の贈与をした者、相続に係る被相続人又は遺贈に係る包括遺贈者の当該相続上場株式等の取得の日及びその取得に要した金額を証する書類その他の財務省令で定める書類を添付しなければならないものとする。

16　第10項の規定は、第14項第4号の移管をする場合について準用する。この場合において、第10項中「法第37条の11の3第3項第2号ロ」とあるのは「第14項第4号」と、「同号ロ」とあるのは「同号」と、「上場株式等の受入れ」とあるのは「上場株式等（以下この項において「相続上場株式等」という。）の受入れ」と、「他の特定口座」とあり、及び「移管元の特定口座」とあるのは「相続等口座」と、「特定口座内保管上場株式等を」とあるのは「相続上場株式等を」と、「特定口座内保管上場株式等の」とあるのは「相続上場株式等の」と、「特定口座内保管上場株式等移管依頼書」とあるのは「相続上場株式等移管依頼書」と、「を含む」とあるのは「で、その者の第15項に規定する住所等確認書類の提示又はその者の同項に規定する特定署名用電子証明書等の送信と併せて行われるものを含む。以下この項において同じ」と、「ものとする」とあるのは「ものとする。この場合において、当該相続上場株式等の取得が贈与によるものであるときは、その提出をする相続上場株式等移管依頼書（電磁的方法により提供された当該相続上場株式等移管依頼書に記載すべき事項を記録した電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）に当該相続上場株式等が贈与により取得したものである旨を証する書類として財務省令で定める書類を添付しなければならないものとし、当該相続上場株式等が同号の相続等一般口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該口座に保管の委託がされていたものであるときは、その提出をする相続上場株式等移管依頼書に同号の贈与をした者、相続に係る被相続人又は遺贈に係る包括遺贈者の当該相続上場株式等の取得の日及びその取得に要した金額を証する書類その他の財務省令で定める書類を添付しなければならないものとする」と読み替えるものとする。

17　第11項の規定は、第15項の移管（同項の相続上場株式等の移管を、同項の金融商品取引業者等の同項に規定する移管元の営業所以外の営業所（以下この項において「移管先の営業所」という。）に開設している第15項の特定口座に行う場合に限る。）に係る移管元の営業所の長及び当該移管先の営業所の長並びに前項において準用する第10項の移管に係る同項に規定する移管元の金融商品取引業者等の営業所の長及び移管先の金融商品取引業者等の営業所の長（同項に規定する移管先の特定口座を開設する金融商品取引業者等の営業所の長をいう。）について準用する。この場合において、第11項中「前項の場合」とあるのは「第15項又は第16項において準用する前項の場合」と、「同項の移管元の」とあるのは「第17項に規定する移管元の営業所の長又は同項に規定する移管元の」と、「移管先の特定口座を開設する金融商品取引業者等（以下この項において「移管先の金融商品取引業者等」という。）の営業所の長」とあるのは「同項に規定する移管先の営業所の長又は同項に規定する移管先の金融商品取引業者等の営業所の長」と、「、前項の」とあるのは「、第15項又は第16項において準用する前項の」と、「当該移管先の金融商品取引業者等の営業所の長」とあるのは「当該移管先の営業所の長又は移管先の金融商品取引業者等の営業所の長」と、「ない場合」とあるのは「ない場合その他財務省令で定める場合」と、「同項の特定口座内保管上場株式等」とあるのは「第15項又は第16項において準用する前項に規定する相続上場株式等（以下この項において「相続上場株式等」という。）」と、同項第1号中「前項の」とあるのは「第15項又は第16項において準用する前項の」と、「特定口座内保管上場株式等移管依頼書」とあるのは「相続上場株式等移管依頼書」と、「電磁的記録」とあるのは「電磁的記録（当該相続上場株式等が第14項第3号又は第4号の贈与により取得したものである場合には、当該相続上場株式等移管依頼書の写し又は当該電磁的記録及び当該贈与に係る第15項後段又は第16項において準用する前項後段に規定する贈与により取得したものである旨を証する書類として財務省令で定める書類の写しとし、当該相続上場株式等が第14項第3号又は第4号の相続等一般口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該口座に保管の委託がされていたものである場合には、当該相続上場株式等移管依頼書の写し又は当該電磁的記録及び第15項後段又は第16項において準用する前項後段に規定する取得の日及びその取得に要した金額を証する書類その他の財務省令で定める書類の写しとする。）」と、同項第2号中「特定口座内保管上場株式等」とあるのは「相続上場株式等」と、「移管元の金融商品取引業者等の営業所の長」とあるのは「移管元の営業所の長又は移管元の金融商品取引業者等の営業所の長」と、「直前に移管元の特定口座」とあるのは「直前に第15項又は第16項において準用する前項に規定する相続等口座（以下この項において「相続等口座」という。）」と、「当該移管元の特定口座」とあるのは「当該相続等口座」と、「移管が移管元の特定口座」とあるのは「移管が相続等口座」と、「　、当該移管が」とあるのは「　、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者が取得した相続上場株式等のうち移管が」と読み替えるものとする。

18　第12項の規定は、第15項及び第16項において準用する第10項の規定による移管により受け入れたこれらの規定に規定する相続上場株式等と同一銘柄の上場株式等をその受入れ後に譲渡した場合について準用する。この場合において、第12項第1号中「特定口座内保管上場株式等」とあるのは「第15項又は第16項において準用する第10項に規定する相続上場株式等」と、「前項第2号イ」とあるのは「第17項において準用する前項第2号イ」と、同項第2号中「特定口座内保管上場株式等」とあるのは「第15項又は第16項において準用する第10項に規定する相続上場株式等」と、「前項第2号ロ」とあるのは「第17項において準用する前項第2号ロ」と読み替えるものとする。

19　第14項第22号に規定する申出書（以下第21項までにおいて「申出書」という。）を受理した金融商品取引業者等の営業所の長は、その申出書を提出した居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、当該金融商品取引業者等の営業所及び当該金融商品取引業者等の他の営業所に現に開設し、又は開設していた特定口座以外の口座（非課税口座及び未成年者口座を除く。）に、当該申出書に係る割当株式の特定口座への受入れの際、当該割当株式と同一銘柄の株式を有していないこと及び当該受入れの日前において当該株式を有していたことがないことを確認しなければならないものとする。

20　前項の金融商品取引業者等の営業所の長は、同項の申出書に係る割当株式を特定口座に受け入れたときは、その受け入れた日の属する月の翌月末日までに、次に掲げる書類を、当該申出書を提出した居住者又は恒久的施設を有する非居住者の住所地の所轄税務署長に提出しなければならないものとする。

• 一　当該申出書及び当該申出書に添付された割当株式数証明書

21　前項の申出書が同項に規定する税務署長に提出された場合には、第19項の金融商品取引業者等の営業所の長においてその受理がされた日にその提出があつたものとみなす。

22　第14項第22号の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、一般口座（当該割当株式を受け入れた特定口座が開設されている金融商品取引業者等以外の金融商品取引業者等の営業所に開設されたものに限る。）において、当該受入れの日前に当該割当株式と同一銘柄の株式を有していたことにより、当該割当株式を受け入れた特定口座において処理された当該割当株式と同一銘柄の株式の上場株式等の譲渡をした場合における当該譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該割当株式の取得価額がその受け入れた割当株式の取得価額と異なる場合には、次に定めるところによる。

• 一　当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長は、その異なることを知つた場合には、速やかに、その知つた旨その他財務省令で定める事項を当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の住所地の所轄税務署長に通知しなければならないものとする。

23　第14項第5号から第11号までに規定する事由その他財務省令で定める事由により取得し、又は同項第16号の規定により返還された上場株式等で特定口座に受け入れなかつたものがある場合には、当該上場株式等については、当該事由が生じた時又は当該返還された時に当該特定口座に受け入れたものと、その受入れ後直ちに当該特定口座からの払出しがあつたものとそれぞれみなして、所得税法施行令第2編第1章第4節第3款及び第167条の7第4項から第7項までの規定並びに第25条の12の3第4項の規定（これらの規定を第1項後段の規定により適用する場合を含む。）並びに第9項第1号及び第25項の規定を適用する。

24　法第37条の11の3第3項第3号に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

25　居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、特定口座から特定口座内保管上場株式等の全部又は一部の払出し（振替によるものを含むものとし、法第37条の11の3第3項第2号に規定する方法により行われる譲渡に係るもの及び当該特定口座以外の特定口座への移管に係るものを除く。）をした場合には、当該払出し後の当該払出しをした上場株式等と同一銘柄の上場株式等（特定口座内保管上場株式等であるものを除く。）の譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算及び当該同一銘柄の上場株式等の所有期間の判定については、次に定めるところによる。

26　居住者又は恒久的施設を有する非居住者が開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等を発行した法人は、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事項その他特定口座内保管上場株式等の取得価額の計算に関し参考となるべき事項を通知しなければならない。

• 一　当該法人が所得税法第24条第1項に規定する分割型分割を行つた場合　当該分割型分割を行つた旨及び当該分割型分割に係る所得税法施行令第61条第2項第2号に規定する割合