※第65条の改正規定は、令和6年1月1日施行（令和4年度税制改正・本文未反映）
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期限内申告書（還付請求申告書を含む。第3項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第1項ただし書又は第7項の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき第35条第2項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に100分の10の割合（修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは、100分の5の割合）を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
2 前項の規定に該当する場合（第5項の規定の適用がある場合を除く。）において、前項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と50万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、その超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に100分の5の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
3 前項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。- 一 累積増差税額 第1項の修正申告又は更正前にされたその国税についての修正申告書の提出又は更正に基づき第35条第2項の規定により納付すべき税額の合計額（当該国税について、当該納付すべき税額を減少させる更正又は更正に係る不服申立て若しくは訴えについての決定、裁決若しくは判決による原処分の異動があつたときはこれらにより減少した部分の税額に相当する金額を控除した金額とし、次項の規定の適用があつたときは同項の規定により控除すべきであつた金額を控除した金額とする。）
- 二 期限内申告税額 期限内申告書（次条第1項ただし書又は第7項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。次項第2号において同じ。）の提出に基づき第35条第1項又は第2項の規定により納付すべき税額（これらの申告書に係る国税について、次に掲げる金額があるときは当該金額を加算した金額とし、所得税、法人税、地方法人税、相続税又は消費税に係るこれらの申告書に記載された還付金の額に相当する税額があるときは当該税額を控除した金額とする。）
- イ 所得税法第95条（外国税額控除）若しくは第165条の6（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額、第1項の修正申告若しくは更正に係る同法第120条第1項第4号（確定所得申告）（同法第166条（申告、納付及び還付）において準用する場合を含む。）に規定する源泉徴収税額に相当する金額、同法第120条第2項（同法第166条において準用する場合を含む。）に規定する予納税額又は災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和22年法律第175号）第2条（所得税の軽減又は免除）の規定により軽減若しくは免除を受けた所得税の額
- ロ 法人税法第2条第38号（定義）に規定する中間納付額、同法第68条（所得税額の控除）（同法第144条（外国法人に係る所得税額の控除）において準用する場合を含む。）、第69条（外国税額の控除）若しくは第144条の2（外国法人に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第90条（退職年金等積立金に係る中間申告による納付）（同法第145条の5（申告及び納付）において準用する場合を含む。）の規定により納付すべき法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の法人税の額）
- ハ 地方法人税法第2条第18号（定義）に規定する中間納付額、同法第12条（外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第20条第2項（中間申告による納付）の規定により納付すべき地方法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の地方法人税の額）
- ニ 相続税法第20条の2（在外財産に対する相続税額の控除）、第21条の8（在外財産に対する贈与税額の控除）、第21条の15第3項及び第21条の16第4項（相続時精算課税に係る相続税額）の規定による控除をされるべき金額
- ホ 消費税法第2条第1項第20号（定義）に規定する中間納付額
4 次の各号に掲げる場合には、第1項又は第2項に規定する納付すべき税額から当該各号に定める税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
【施令27】
- 一 第1項又は第2項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となつた事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合 その正当な理由があると認められる事実に基づく税額
- 二 第1項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について期限内申告書の提出により納付すべき税額を減少させる更正その他これに類するものとして政令で定める更正（更正の請求に基づく更正を除く。）があつた場合 当該期限内申告書に係る税額（還付金の額に相当する税額を含む。）に達するまでの税額
5 第1項の規定は、修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る国税についての調査に係る第74条の9第1項第4号及び第5号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に掲げる事項その他政令で定める事項の通知（次条第6項において「調査通知」という。）がある前に行われたものであるときは、適用しない。
※第65条の改正規定は、令和6年1月1日施行（令和4年度税制改正・本文未反映）
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期限内申告書（還付請求申告書を含む。第3項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第1項ただし書又は第7項の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき第35条第2項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に100分の10の割合（修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは、100分の5の割合）を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
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