所得割の納税義務者が前年中に所有期間が10年を超える居住用財産を譲渡（配偶者等その者と特別の関係にある者に対してするもの及び他の特例を受けるものを除く。）した場合には、その年の前年又は前々年にこの特例の適用を受けている場合を除き、その居住用財産の長期譲渡所得の分離課税の税率は、上記にかかわらず、次のように計算する（法附34の3）。
| 特別控除後の譲渡益6,000万円以下の部分 | 道府県民税1.6％(0.8％) 市町村民税2.4％(3.2％) |
| 特別控除後の譲渡益6,000万円超の部分 | 道府県民税2％(1％) 市町村民税3％(4％) |
(注) 上記表の（ ）内の控除率は、指定都市の区域内に住所を有する納税義務者について適用される。
備考
「居住用財産」に該当するための要件については、所得税の項「居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例」を参照。
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