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以上に述べた各所得控除額を所得金額から控除するに当たっては、まず雑損控除額を控除し、次に医療費控除額、社会保険料控除額、小規模企業共済等掛金控除額、生命保険料控除額、地震保険料控除額、寄附金控除額、障害者控除額、寡婦控除額、ひとり親控除額、勤労学生控除額、配偶者控除額、配偶者特別控除額、扶養控除額、基礎控除額を控除していくことになっている。
また、合計所得金額を構成する各所得間にあっては、総所得金額、上場株式等に係る配当所得等の金額、土地等に係る事業所得等の金額、短期譲渡所得の金額、長期譲渡所得の金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額、上場株式等に係る譲渡所得等の金額、先物取引に係る雑所得等の金額、山林所得金額、退職所得金額の順に控除していくことになっている(法87、措法8の4③、28の4⑤、31③、32④、37の10⑥、41の14②)。
基礎控除、寄附金控除、雑損控除以外の控除は、居住者にのみ適用される(法165)。