消費税について税抜経理方式を採用することで生じる控除対象外消費税額等については、法人税法上、資産に係るものとそれ以外のものとに分け、資産計上や損金経理などの処理が求められる。
また、交際費等に係る控除対象外消費税額等は損金不算入額の計算に含めることになるので、95%ルールの適用制限は、多くの企業で法人税の実務にも大きな影響を与える。特に仕入税額控除を個別対応方式による場合には、控除対象外消費税等も用途区分によってそれぞれ処理しなければならない。
そのため、用途区分が誤っていたことが調査等で判明した場合には、ケースによっては、控除対象外消費税額等の発生事業年度以降の法人税額について修正が必要となることも考えられるので留意したい。