平成18年分以前の住宅ローン控除の適用者のうち、税源移譲の影響で平成19年分以後の所得税で控除しきれない住宅ローン控除額が発生した場合には、平成20年度分以降の個人住民税からさらに控除できる、個人住民税による住宅ローン控除制度(地法附則5条の4)がある。
ただ、この制度は自動的に行われず、対象者本人の申請によって適用される。このため、住宅ローン控除適用者が、この制度の対象者であるかどうかを自身で判断しなければならないが、明確な判定方法がなかった。
しかし、国税庁より公表された平成19年分の給与所得の源泉徴収票には、所得税では控除しきれない額が発生した場合において、「住宅借入金等特別控除可能額」が記載されることになった。これにより、給与所得者にとって自分が対象者かどうかの判断が容易にできるようになったわけだ。