国税庁は6月29日、復興特別法人税に係る法令解釈通達『復興特別法人税の取扱いについて(法令解釈通達)』(平成24年6月25日、課法2-7、課審5-9、査調4-3)、事務運営指針『復興特別法人税に係る加算税の取扱いについて(事務運営指針)』(平成24年6月25日、課法2-9、課総5-5、査調4-4、査察1-7)を公表した。
通達では、平成22年9月30日以前に解散し清算所得課税となる法人に係る復興特別法人税の取扱いや復興特別所得税の控除等で留意点を示している。事務運営指針では、法人税の修正申告等に伴って復興特別法人税の期限後申告があった場合には、法人税に係る期限内申告の有無に関わらず、無申告加算税が課されることとされた。
さらに、同日、『平成24年版 法人税申告書の記載の手引』を公表し、実務家から多くの疑問があった源泉徴収された所得税と復興特別所得税の区分処理や端数処理の方法についての取扱いや計算例が紹介されている。