特殊支配同族会社の業務主宰役員給与の損金不算入制度では、過年度欠損金額の調整控除額の計算は、複雑な基準所得金額の計算の中でも最も難しいものとされている。この過年度欠損金額の調整控除額とは、調整所得金額から控除される調整繰越欠損金額のことを指す。
この調整繰越欠損金額について、制度対象を2年目では1年目で計算される金額を利用しなければならない。平成13年3月31日以前に開始した事業年度の場合、調整繰越欠損金額の繰越期間は欠損金額と同様に、繰越期間が7年ではなく5年と規定されている。
この繰越期間を考慮せずに翌期に繰り越される調整繰越欠損金額(差引翌期調整繰越欠損金額)の計算を行わないと、2年目以降の基準所得金額の計算に誤りが生じてしまうので、この点も留意しながら基準所得金額の計算を行う必要がある。