消費税率引上げの施行日を跨ぐ取引については、出来高に応じて請負金額を支払う場合の仕入税額控除における適用税率にも疑問が多数寄せられている。
消費税法基本通達11-6-6では、出来高検収書に基づいて請負金額を支払っているときは、その課税期間で仕入税額控除を行うことを認めているが、これは課税仕入れの時期を実際の支払日とすることを認めるものであって、税率引上げの場面で適用税率を判断するためのものではない。
引渡しが施行日以後の場合、出来高検収書に基づく課税仕入れ全体に対して新税率が適用されるため、仕入対価の返還を受けたものとして処理を行うことになるようだ。