特殊支配同族会社の業務主宰役員給与の損金不算入制度では、適用除外基準に係る基準所得金額は過去の所得や給与を基に計算される。
ところで、比較的財務体質の良い黒字会社でも、景気低迷で前期において減収だったところが多い。特殊支配同族会社であると、当期の基準所得金額に響いて適用除外ではなくなり、当期の業務主宰役員給与が損金不算入になってしまう。
当期の利益調整等では同制度の損金不算入は免れないため、当期の業績も前期と同じ状況であると減収のまま納税額が増大することから、黒字の特殊支配同族会社は、事前に当期の基準所得金額の状況を確認しておきたい。