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所得割の納税義務者が、前年に租税特別措置法に規定する非課税上場株式等管理契約、非課税累積投資契約又は特定非課税累積投資契約に基づき非課税口座内上場株式等の譲渡をした場合には、非課税口座内上場株式等に係る譲渡所得等の金額と、非課税口座内上場株式等以外の株式等に係る譲渡所得等の金額を区分して計算するものとするものとし、非課税口座内上場株式等を非課税口座から通常の口座に払い出した場合等においては、その払出時の価額で同一銘柄・同一数の上場株式等の取得があったものとみなされる(法附則35の3の2)。
(注) 平成27年度税制改正において、ジュニアNISAが創設されたことに伴い、所得税同様、未成年者口座内の上場株式等の譲渡所得等と口座外の株式等の譲渡所得等を区分して計算する特例が創設され、平成29年1月1日から適用されている(法附則35の3の3)。
備考
「非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得及び譲渡所得等の非課税措置」については、所得税の項「非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税」参照。