地方消費税の都道府県間の清算は、貨物割及び譲渡割の納付額から徴収取扱費を減額した額を、「各都道府県ごとの消費に相当する額」に応じてあん分し、当該あん分した額のうち他の都道府県に係る額を他の都道府県に支払うことにより行われる(法72の114①②、法附則9の15)。
(注) 令和元年10月1日以後、都道府県は、国から払い込まれた地方消費税の額に一定割合を乗じて、社会保障財源とすべき引上げ分の額を計算し、既往の1%相当分と引上げ分を明確に分け、既往の1%相当分からのみ国に対して支払う徴収取扱費を控除した上で、それぞれ清算を行う。
備考
地方消費税の都道府県間の清算が税制上の仕組みであるのに対し、都道府県から市町村への交付は財政上の措置である。
都道府県間の清算は5月、8月、11月、2月の4回である(令35の19①)。
市町村への交付は都道府県間の清算の翌月(令35の21)。