株式等譲渡所得割の徴収方法については、特別徴収の方法によらなければならない(法71の50)。
特別徴収義務者は、源泉徴収選択口座が開設されている金融商品取引業者等とされており、この特別徴収義務者が、特定株式等譲渡対価等の支払の際、株式等譲渡所得割を特別徴収し、原則として、徴収の日の属する年の翌年の1月10日までに、特定株式等譲渡対価等の支払を受ける個人が支払を受けるべき日の属する年の1月1日現在における住所所在の都道府県に納入しなければならない(法71の51)。
特別徴収義務者は、納入の際には、納入申告書及び計算書を提出しなければならない。