納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他課税標準等又は税額等が税務署長の調査額と異なるときは、その調査額に更正される(通則法24)。
しかし、申告した所得金額が過大であるため、その所得金額について減額更正をする場合には、その更正の原因が事実を仮装して経理したことに基づくものであるときは、その事実について決算において修正経理し、その決算に基づく確定申告書の提出があるまで、その更正をしないことができることとされている(法129①)。
更正又は決定に対して不服があるときは不服申立てができる(通則法75)。