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申告納付した法人税額が過大である場合には、税務署長は減額の更正を行い、その結果過大となった法人税額は、還付される。ただし、未納の国税があるときは、その未納の国税に充当される(通則法56、57)。
減額の更正の場合でも、その更正の原因となった所得金額が事実を仮装して経理したことに基づいてその更正が行われたものであるときは、その過大となった法人税額は直ちに還付しない(法135①)が、その更正の日の属する事業年度開始の日前1年以内に開始する各事業年度の所得に対する法人税額(附帯税を除く。)でその更正の日の前日において確定しているものがあるときは、税務署長はその更正に係る仮装経理法人税額のうちその確定法人税額に達するまでの金額を還付する(法135②)。また、その更正の日の属する事業年度開始の日から5年を経過する日の属する事業年度の申告書の提出期限が到来した場合は、その更正に係る仮装経理法人税額を還付する(法135③)。
さらに、更生手続開始の決定があったことその他一定の事実が生じた場合には、その事実が生じた日以後1年以内に、納税地の所轄税務署長に対し、仮装経理法人税額の還付を請求することができる(法135④)。