課税売上割合が5億円を超える場合等

　その課税期間における課税売上高が5億円を超える場合又はその課税期間における課税売上割合が95％に満たない場合の控除税額の計算は、課税資産の譲渡等を行うために要する課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る部分の消費税額として次に掲げる場合に応じ、それぞれ次により計算した金額とする（法30②）。

(注)　課税売上割合が95％に満たないか否かの判定は、事業者が課税売上割合に準ずる割合について税務署長の承認を受けているかどうかにかかわらず、課税売上割合を用いる（基通11-5-9）。

1　個別対応方式

　その課税期間中の課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る税額を課税資産の譲渡等にのみ要するもの、課税資産の譲渡等以外の資産にのみ要するもの及びこれらに共通して要するものとの区分が明らかにされている場合（法30②一）

　その課税期間中の課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る税額を

• 　①　課税資産の譲渡等にのみ要するもの
• 　②　課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの
• 　③　課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの

に区分し、次の算式により計算した金額

（算式）

　　仕入れに係る消費税額＝①に係る税額＋③に係る税額×課税売上割合

　ただし、③に係る税額につき、課税売上割合に準ずる割合（その割合がその事業者の営む事業の種類の異なるごと又はその事業に係る販売費、一般管理費その他の種類の異なるごとに区分して算出したものである場合には、その区分して算出した割合）で合理的な基準により算出したものとして税務署長の承認を受けた割合により、配分する方法も認められる。

備考

課税資産の譲渡等にのみ要するものとは、課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等をいい、例えば、次に掲げるものの課税仕入れ等がこれに該当する（基通11-2-12）。

• (1)　そのまま他に譲渡される課税資産
• (2)　課税資産の製造用にのみ消費し、又は使用される原材料、容器、包紙、機械及び装置、工具、器具、備品等
• (3)　課税資産に係る倉庫料、運送費、広告宣伝費、支払手数料又は支払加工賃等

課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等のみに要するものとは、非課税となる資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等をいい、例えば、販売用の土地の造成に係る課税仕入れ、賃貸用住宅の建築に係る課税仕入れがこれに該当する（基通11-2-15）。

2　一括比例配分方式

　個別対応方式以外の場合（法30②二）

　次の算式により計算した金額

（算式）

　仕入れに係る消費税額＝その課税期間中の課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る税額の合計額×課税売上割合

　なお、個別対応方式により控除税額を計算できる事業者は、選択により比例配分方式により計算することもできるが、この方法を選択した場合には、この方法により計算することとした課税期間の初日から同日以後2年を経過する日までの間に開始する課税期間までの間は継続して適用しなければならない（法30⑤）。