上場株式等の配当所得・譲渡所得について，所得税で申告分離課税，個人住民税で申告不要制度といったように，所得税と個人住民税で異なる方式を選択できることが29年度改正で明確化された。異なる方式を選ぶには，住民税の納税通知書が送達される時までに所得税の確定申告や住民税の申告を行うことが要求される。一部の自治体では法令解釈を誤り，納税通知書送達後に提出された確定申告書（期限後申告書）分についても住民税額の算定を行っていたという（2頁，資料11頁）。

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