年末調整手続の電子化は，従業員にマイナンバーカードを取得させなくても可能だ（ №3621 ・13頁）。その一方で，記入事項の自動入力など，電子化のメリットのいくつかは，控除証明書等のデータでの取得が前提となっているが（ №3620 ・45頁），このデータを取得するためにマイナンバーカードが必要となるケースもある。

保険料控除証明書と年末残高等証明書をデータで取得するには，①各社のお客様ページ等から個別にダウンロードする方法と，②マイナポータル連携で一括取得する方法がある。マイナンバーカードが必要なのは②のみだ。

一方，税務署から送付される住宅ローン控除証明書をデータで取得するには，①e-Taxで取得する方法（メッセージボックスを通じて取得）と②マイナポータル連携で取得する方法があるが，①でもマイナンバーカードが必要となる。e-Taxで取得するには，居住開始年分の確定申告書をe-Taxで提出し，翌年分以降の住宅ローン控除証明書について「e-Taxによる電子データでの交付」を希望することが必要となるが，データのダウンロード等に，マイナンバーカード等の電子証明書による認証が必要となるからだ（ID／パスワード方式は不可）。

仮に，居住開始年分の確定申告時に「e-Taxによる電子データでの交付」を希望していなくても，途中からデータでの交付に切り替えられる。請求事由として「書面での交付をとりやめ，電子交付を希望するため」にチェックを入れた「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を税務署に提出すればよい（e-Taxでも可）。

ただ，住宅ローン控除証明書のデータ提供は，居住年が平成31年（令和元年）以後のものに限られており，居住年が平成30年以前の場合には，勤務先にデータにより提供することはできない（年末残高等証明書も同じ）。