グループ通算制度では、各通算法人の電子申告が義務化されている（ 法法75の4 ②）。通算子法人が通算グループから離脱した場合も離脱日前日の属する事業年度については電子申告によらなければならず、離脱時における申告方法を間違えないようにしたい。

グループ通算制度の前身である連結納税制度では、連結親法人の資本金の額等が1億円超の場合に連結親法人が行う連結確定申告書の提出において電子申告義務が課されていた（ 旧法法75の3 ②）。ただ、連結子法人が連結グループから離脱し、連結納税義務者の承認が取り消された場合には、その取り消された日（＝離脱日）の前日の属する事業年度は電子申告義務を適用しないとされ、離脱した子法人は同事業年度において書面申告を行うこととなっていた（ 旧法法4の5 ②五、 75の3 ⑥）。

一方、グループ通算制度では、離脱した法人について離脱日前日の属する事業年度につき電子申告義務を適用しないとする規定がない。通算子法人が通算グループから離脱した場合、通算親法人の事業年度開始日から通算子法人の離脱日前日までの期間は“通算法人”として申告を行うため、電子申告義務化の対象となり、電子申告を行わなければならない。

例えば、連結納税制度からグループ通算制度に移行した法人が、離脱日前日の属する事業年度に係る申告方法について連結納税制度と同様と思い込んだまま書面申告を行ってしまうと、申告そのものが無効扱いとなる（ №3778 ）。

なお、無効とされた申告において無申告加算税が課されるか否かは、間違いに気づいた後にやり直す電子申告が期限内申告か期限後申告かで異なる。期限後申告の場合は無申告加算税が課される点にも留意したい。