納税者が最高裁に上告受理の申立てを行っています。

消費税法上、事業者が課税資産（建物等）と非課税資産（土地等）を同一の者に対して同時に譲渡した場合（一括譲渡）、これらの資産の譲渡対価の額が「合理的に区分されていないとき」は、その課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、全体の譲渡対価の額に、課税資産の価額と非課税資産の価額の合計額のうちに課税資産の価額の占める割合を乗じて算定するとされています（ 消令45 ③）。

この事件では、納税者が、本件各物件（土地と建物）の譲渡時における建物の消費税額を「売買代金総額×過去に販売した物件の固定資産税評価額等に基づく実積率（納税者算定方法）」で算定し、顧客との間で作成する売買契約書に土地代金額や建物代金額（取引当事者間で合意した対価の額）、消費税額を記載していました。一方の国が、納税者算定方法に基づく本件各物件の譲渡は、 消費税法施行令45条 3項の「課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないとき」に該当するため、本件各物件に係る課税資産（建物）の譲渡に係る消費税の課税標準は、リフォームによる交換価値の増加を反映した「土地と建物の各売上原価の比で按分する方法（国算定方法）」で算定した金額であるなどとして、消費税の更正処分等を行ったことで争いとなりました。

一審の東京地裁・二審の東京高裁ともに、納税者が敗訴しています。