IT導入補助金事業における多数の不正受給事案が明らかになっていることから、補助金事務局がWebフォームを用いた事業の調査を実施しています。不正行為が判明した場合、交付決定取消、補助金の返還請求、IT導入支援事業者登録取消等の措置が行われるとされています（中小企業庁ホームページ：「IT導入補助金の不正受給等に関する調査を実施しています」）。

同調査は、IT導入補助金の交付規程に定める「立入調査」に基づく調査であり、正当な理由なく拒否した場合には、同規程に基づき交付決定取消となる場合があるようです。

2023年7月31日以前に交付申請した場合の調査期間は、次のとおりとなっています。