入院時に支払った保証金で、退院の際に入院費用に充当されたものについては、“充当された年分の医療費控除の対象”となります。

医療費控除の対象となる「その年中に支払った当該医療費」とは、その年中に現実に支払った医療費をいいます（ 所法73 ①、 所基通73－2 ）。すなわち、令和6年の入院時に支払った保証金であって、その退院が令和6年中に行われ、退院の際に入院費用に充当されて精算されているのであれば、令和6年分の医療費控除の対象となります。

一方、入退院の時期が年をまたいだときは（令和6年の入院時に保証金を支払い、令和7年の退院時に入院費用に充当されて精算されたときは）、令和7年分の医療費控除の対象となります（国税庁・質疑応答事例「入院時に病院へ支払った保証金」）。