グループ通算制度を適用する法人の多くは、従来の連結納税制度と同様、親法人を通じて「通算税効果額」の授受を行うものと考えられる。この場合、考えられる親法人の会計仕訳は２パターンあるが、大半の法人は、従来の連結納税制度と同様の方法を選択し、国税庁のQ&Aで示された方法を選択した法人は少数に留まった可能性がある（ ３頁 ）。