事業税の申告があった場合で、その申告に係る所得割等の課税標準である所得が法人税の課税標準を基準として算定した所得割等の課税標準である所得と異なるとき、及び事業税額の算定について誤りがあるときは更正する(法72の39①)。
また、申告書を提出しなかったときは、法人税の課税標準を基準として所得割等に係る所得及び事業税額を決定する(法72の39②)。
仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う事業税額の控除
各事業年度の開始の日前に終了した事業年度においてなされた減額更正の反射的効果としてなされることとなった当該各事業年度の更正により減少した付加価値額、所得又は収入金額のうちに、減額更正に係る事業年度における仮装経理に基づくものがある場合には、これを還付することなく、更正の日の属する事業年度の開始の日から5年を経過する日の属する事業年度の法人事業税額から控除することにより対応する(法72の24の10)。
なお、仮装経理を行った法人が解散等した場合には、繰越控除の適用を停止し還付又は未納に係る地方団体の徴収金に充当する。