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金融商品取引業者等は、その年において開設されていた特定口座について、その特定口座を開設した居住者等の氏名、住所及び個人番号(居住者等に交付するものは、氏名及び住所)、その年中に特定口座において処理された上場株式等の譲渡の対価の額その他の事項を記載した「特定口座年間取引報告書」を作成し、翌年1月31日までに、1通を税務署長に提出し、他の1通をその特定口座を開設した居住者等に交付しなければならない(措法37の11の3⑦)。ただし、その年中に取引のなかった特定口座については、その口座開設者から請求がある場合を除き、特定口座年間取引報告書の交付を要しない(措法37の11の3⑧)。
この特定口座年間取引報告書は、特定口座を開設した居住者等の承諾を得て、電磁的方法により提供することができるが、その居住者等の請求があるときは、書面により交付しなければならない(措法37の11の3⑨)。