総合課税を受けるもの

　非居住者の総合課税に係る所得税の額の計算は、次に掲げる非居住者の区分に応じそれぞれ次に定める国内源泉所得について、居住者に係る所得税の課税標準、税額等の計算の規定に準じて計算した金額とする（法164、165）。

• ①　恒久的施設を有する非居住者　次に掲げる国内源泉所得
  • イ　恒久的施設帰属所得
  • ロ　総合課税の対象となる国内源泉所得（イを除く。）
• ②　恒久的施設を有しない非居住者　総合課税の対象となる国内源泉所得

　上記①イの恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額は、非居住者の恒久的施設帰属所得について、別段の定め（①及び②等）を除き、居住者に係る所得税の課税標準の計算に関する規定に準じて計算した金額とする（法165）。

• ①　恒久的施設に帰せられるべき純資産に対応する負債の利子の必要経費不算入
  　　非居住者の恒久的施設に係る純資産の額が、恒久的施設に帰せられるべき純資産の額に満たない場合には、恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子のうち、その満たない金額に対応する部分の金額は、恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算上、必要経費に算入しない（法165の3）。
• ②　配賦経費に関する書類の保存がない場合における配賦経費の必要経費不算入
  　　非居住者の配賦経費につき、その配分の基礎となる書類の保存がない場合には、その書類の保存がなかった配賦経費については、恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算上、必要経費に算入しない（法165の5）。

　また、恒久的施設帰属所得を有する非居住者は、当該非居住者が他の者との間で行った取引で当該取引から生ずる所得が当該非居住者の恒久的施設に帰せられるものに係る明細を記載した書類及び非居住者の事業場等と恒久的施設との間の内部取引に係る明細を記載した書類を作成しなければならない（法166の2）。

備考

総合課税される所得以外の国内源泉所得は、その支払を受ける金額に原則として20％を乗じた税額で源泉分離課税が行われ、申告等の手続は要しない（法169、170、措法3、8の2、37の11の4、41の9、41の10、41の12）。