適格請求書発行事業者の登録申請手続は，「e-Taxソフト」のほか，パソコン利用者向けの「e-Taxソフト（WEB版）」，スマートフォン等利用者向けの「e-Taxソフト（SP版）」で行うことができますが，それぞれ利用の対応などが一部異なっています（【参考】）。また，e-Taxを利用するには電子証明書が必要となり，事前にマイナンバーカード等のほか，利用者識別番号も準備が必要です。利用者識別番号は「e-Taxソフト（WEB版）」や「e-Taxソフト（SP版）」で取得することも可能とされています。

登録申請後に税務署で審査を受け，適格請求書発行事業者として登録された場合は，「国税庁適格請求書発行事業者公表サイト」で登録情報が公表されます。令和3年11月1日から，公表サイトで登録情報を確認できます。