連結納税制度の適用を受けている法人は，令和4年4月1日以後最初に開始する事業年度から，連結納税制度に代えて自動的に通算制度の適用を受けることになります。通算制度の適用を受けないこととするには，連結親法人が令和4年4月1日以後最初に開始する事業年度の開始の日の前日までに，税務署長に「グループ通算制度へ移行しない旨の届出書」を提出する必要があります。同届出書を提出すると，同日以後に開始する事業年度において，その連結親法人及び連結子法人は，連結納税制度及び通算制度のいずれも適用しない法人として申告を行うことになります（「グループ通算制度に関するQ＆A」問6）。

なお，通算制度を適用しないことを選択した場合，5年間は通算制度の適用を受ける通算法人となることはできません（ №3659 （「グループ通算制度と5年縛り」）等）。