契約書や請求書等の取引帳票について，紙を出力せずに電子データのままやりとりすることが増えている。この場合，電子帳簿保存法上，そのデータをそのまま電子的に保存することが原則とされており，税務署に承認申請をする必要はない。

契約書や請求書等を出力し紙でやりとりする場合，そのまま紙の状態で保存しておく際は当然，税務署に承認申請する必要はない。しかし，契約書等を出力し紙で相手に交付したものの，作成側がその契約書等の控えを電子データのまま保存しておくには，税務署への承認申請が必要だ（電帳法4②）。一方，契約書や請求書等を電子データのままやりとり，つまり相手側と電子取引をした場合，そのデータのまま保存しておくことが原則だ。例外的に，出力して紙で保存することも認められているが，「電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない」というデータ保存が原則の規定になっている（電帳法10）。

このため，電子取引については，契約書や請求書等を電子データのまま保存する場合でも，税務署への承認申請は不要ということになっている（下記③）。

①【契約書や請求書等を紙のまま保存する場合】…税務署への承認申請は不要

②【契約書や請求書等を電子データ作成後に紙で交付し，控えをデータのまま保存する場合】…税務署への承認申請が必要

③【契約書や請求書等を電子データのまま交付してデータ保存する場合】…税務署への承認申請は不要

④【紙で作成又は受け取った契約書や領収書等をスキャンしてデータ保存する場合】…税務署に承認申請が必要