クレジットカードに係る決済手数料については「非課税」，電子マネーに係る決済手数料については「課税」となるようです（ №3557 ・4頁）。

クレジットカードについては，店舗が商品を販売した消費者に対して持つ債権をカード発行会社（決済事業者）に譲渡する形となり，店舗が負担する決済手数料は"金銭債権の譲受け"に該当するため，「非課税」になります。

一方で，電子マネーについては，店舗とカードを発行する決済事業者の間を，決済代行事業者が仲介することが多くあります。店舗が決済代行事業者に対して負担する手数料は，決済代行に係る役務提供の対価として，「課税」になるものと考えられます。