政府税調の連結納税制度に関する専門家会合で，連結グループ全体を一つの納税単位とする制度に代え，各法人それぞれを納税単位とする個別申告方式とするにあたり「行政手続きコスト削減の観点から，令和2年4月1日以後開始事業年度から大法人は電子申告が義務化されること，企業グループ内の法人間で損益通算等の調整計算が正しく行われているか，課税庁が円滑かつ効率的に確認する必要があること等を踏まえ，企業グループ内の各法人に電子申告義務を課すことが適当である」（2019.6.26）との報告がありました。こうした報告等を踏まえて，通算法人に対し法人税等の電子申告義務が課されることになったと考えられます。

通算法人が法定申告期限までに申告書をe-Taxにより提出せず，書面により提出した場合，その申告書は無効なものとして取り扱われることとなり無申告加算税の賦課対象になります。

また，令和2年4月1日以後開始事業年度から適用の大法人の電子申告義務化は資本金の額等が1億円を超える法人を対象にしていますが，グループ通算制度では，資本金の額等が1億円以下であっても通算法人であれば法人税等の申告について電子申告義務が課される点に注意が必要です。