国税庁は６月30日、 「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）」 （令和８年６月30日付課法２―11ほか３課共同）を公表した。これは、令和８年度税制改正で創設された「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」（ 法規59の２ 、 67の２ ）に関し、運用上の基本的な考え方と具体的な取扱いを整理したもの。今回の事務運営指針では、「１ 基本的な考え方」、「２ 損金算入との関係」、「３ 記載内容の程度に関する基本的な考え方と特定事項記載書類の取扱い」、「４ 実地調査時における対応」、「５ 青色申告の承認の取消しに係る取扱い」などの内容が示されている。

このうち、「３（１）記載内容の程度に関する基本的な考え方」では、同特例は納税者に対して取引の内容及び性質に照らして通常求められる範囲を超える詳細な資料の一律の保存等を求める趣旨のものではなく、「必要記載事項は、関連者間取引の内容を第三者の立場からみて客観的に把握することができる程度の記載が求められる」ことなどが示されている。

また、同特例により、関連者間取引を行った場合に、その関連者間取引に関して受領・作成した書類等に必要な記載事項の記載等がないときは、その記載等がない事項（特定事項）を明らかにする書類の取得等や整理・保存が必要となるが、「３（２）関連者間取引の類型に応じた特定事項の内容に関する具体的な取扱い」において、この特定事項の内容が例示されている。

まず、工業所有権等に係る関連者間取引については「当該工業所有権等の内容、その範囲及び存続期間並びに内国法人の事業における当該工業所有権等の利用の内容等並びに対価の額及びその算定の基礎となる計算方法等に関する情報をいう」ことなどを例示している。

役務の提供に係る関連者間取引については、「役務の提供に係る事業活動の内容又は役務の具体的な内容及びその提供の態様並びにこれらに係る対価の額又は役務の提供に係る費用の額及びその計算方法等について把握することができるものをいう」とし、その役務が費用分担等に係る事業活動である場合には「当該事業活動の内容、その実施方法、場所及び回数並びに当該事業活動により内国法人が受ける利益の内容並びに当該内国法人が負担する費用の額を算出する根拠となった計算方法等に関する情報」、経営の管理又は指導等に係る役務の提供である場合には「その役務の具体的内容、その提供の態様、提供の頻度又は期間及び当該役務の提供に係る対価の額の計算方法等に関する情報」、その他これらに類する役務の提供である場合には「その役務の提供の日時、場所、期間又は回数、その具体的内容、対価の額の内訳及びその計算方法等に関する情報」をそれぞれ例示している。