国税庁は６月30日、 「法人税基本通達等の一部改正について（法令解釈通達）」 （令和８年６月30日付課法２―９ほか１課共同）を公表した。この改正通達は令和８年度税制改正に対応するもので、租税特別措置法関係の中で「外国子会社合算税制の見直し」、「研究開発税制」、法人税関係の中で「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」などに関する通達が示されている。

このうち「外国子会社合算税制の見直し」については、外国関係会社の外国法人税の税率が所得額に応じて高くなる場合に、最高税率を用いて租税負担割合を計算することができる特例について、その最高税率が適用されることが通常見込まれないこと等の事情により同特例を適用することが著しく不適当であると認められる場合には、同特例を適用することができないこととする改正が行われており、この点について「累進税率の場合の特例の適用（措通66の６―27　改正）」の中で、同特例を適用できないこととされる事情について、該当する例示を示している。

また、「研究開発税制」について、控除対象となる試験研究費の額の範囲の見直しが行われたことに関連して、「他の者に委託する試験研究が国外において行われるかどうかの判定（措通42の４（１）―７ 新設）」が示されており、他の者に委託する試験研究が国外において行われるかどうかの判定について、他の者が内国法人か外国法人であるか等にかかわらず、その試験研究が行われる場所が国外であるかどうかにより判定することを留意的に明らかにし、その判定について、いくつかの考え方を示している。

また、法人税関係の中で、「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」について、11本の通達が新設されており、「工業所有権等の意義（基通17―３―４）」、「取引を行った場合の意義（基通17―３―５）」、「特定事項記載書類の性質（法基通17―３―６）」、「特定事項記載書類の取得等を要しない場合（基通17―３―７）」、「費用分担等に係る事業活動の例示（法基通17―３―９）」、「経営の管理又は指導等に係る役務提供の例示（法基通17―３―10）」などの内容が示されている。このうち「特定事項記載書類の性質（法基通17―３―６）」では、「特定事項記載書類」は、関連者間取引に関して受領又は作成した 法人税法施行規則59条の２ 第１項に規定する書類で、法人税に関する法令規定により保存しなければならないもの（取引関係書類）に、当該関連者間取引の区分に応じ「当該各号に定める事項（必要記載事項）の記載又は記録がない場合に、特定事項を明らかにするためのものであることから、当該関連者間取引について、その内容の全てを記載する必要はなく、特定事項が明らかにされていれば足りる」ことを留意的に明らかにしている。