海外子会社に出向した者がコロナ感染問題で日本に一時帰国した後に当該海外子会社勤務するため再出国した場合の日本滞在中に支払われた給与の課税関係

※ 事例の内容は発行日時点の情報に基づくものです

[質問]
1. 時系列
①2019年11月、日本親会社から中国子会社へ1年以上の予定で出向(技術者)
②2020年2月、コロナのため日本に一時帰国
?  (日本滞在時は日本親会社に勤務)
③2020年11月、中国へ再入国して以後は中国子会社に勤務
2. 給与について
 上記1.①以降、日本滞在期間中も含めて中国子会社からは給料、日本親会社からは留守宅手当が支給されている。中国子会社の給料について、日本滞在が長引きそうになり4月以降中国での源泉徴収をストップし、日本の留守宅手当について遡って20.42%で源泉徴収して納付した。なお、中国子会社の給与は日本滞在中も直接本人の中国口座へ振込。
 また、日本滞在中の業務は日本親法人の業務と現地の指導等の業務の両方であり、その割合に応じて業務委託料を日本親会社から中国子会社へ支払っている。
3. 中国再入国時の納税と二重課税について
 当初出向時の就労許可(1年間)取得時に、年間の所得と納税額の見込を上海当局に提出していたが、上記1.③の再入国時に当初の納税見込額を大幅に下回っているため納税をしなければ就労許可の更新ができないと言われて納税した。納付税額は、中国での源泉徴収をストップして以降の税額の累計。
 日本滞在期間が183日以上となったため中国子会社支給の給料について確定申告が必要となり上海当局に納付した税額との二重課税となる。
4. 質問事項
(1)日本では当初の出国以降非居住者のままで、中国でも日本滞在が183日以上のため非居住者に該当し、双方非居住者に該当するでしょうか。
(2)今回の社員が双方非居住者となった場合、当局の協議により決定を求めるほかないのでしょうか。何か現実的な企業の対処方法はないでしょうか。
(3)日本で確定申告を行う際に外国税額控除を適用できるでしょうか。あるいは中国当局が課税をしたのは中国側では日本へ一時帰国中も居住者としての扱いに変更はないということになり、中国で外国税額控除を受けることになるでしょうか。

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 はじめに、ご質問の………
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