[質問]
　一般社団法人（非営利型法人）で市から委託して運営しておりますリハビリテーション病院管理運営受託事業に関する下記の疑問点につきましてご教示お願いします。
?　受託事業を運営するにあたり、医業収入のうち、職員の人件費相当額を診療交付金（人件費に使途が特定されている補助金）、医業収入と交付金の差額を委託料として市から受け取っていました。
　この度、その収入についての変更案が市より提示され、医業収入のうち入院料など、非課税売上げになるものを診療交付金、室料差額・文書料などの課税売上げになるものを委託料とするものでした。
　この案については所轄税務署より変更内容に問題はないとの返答をもらっています。
　ここで問題となっているのが、特定収入です。今までの診療交付金は人件費に使途が特定されている補助金でしたので、特定収入に該当しないものとして取り扱っていましたが、新たな診療交付金については使途不特定の特定収入になるのではないかと考えております。
　しかし、消費税基通16-2-2に「交付要綱等には、補助金等を交付する者が作成した補助金等交付要綱、補助金等交付決定書のほか、これらの付属書類である補助金等の積算内訳書、実績報告書を含むこととされております」とあることから、実績報告書により給料など非課税仕入れの割合を算定し、受け取った診療交付金のうち非課税仕入れに対応する金額を算定することにより、その分を特定収入に該当しないものとして取り扱ってもよいでしょうか。

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