時価評価額と純資産価額に乖離がある場合の評価通達6の認定について

※ 事例の内容は回答年月日時点の情報に基づくものです

[質問]
A株式会社
 事業内容 不動産賃貸
 株主  甲  代表取締役  1500株
     乙  甲の配偶者   500株
     合計        2000株
 発行済株式の総数      2000株
 土地の保有割合        80%
 評価会社の判定       子会社
 帳簿による純資産価額    200000千円
 課税時期の現在の純資産価額 500000千円
 (土地は時価で評価)
 (法人税等は控除していない)
 1株当たりの純資産価額     250千円
 1株当たりの類似業種の比準価額  50千円
 1株当たりの株式の評価額    150千円
               250千円×0.5+50千円×0.5=150千円
特記事項
 評価会社には2億円の借入金(銀行借入金2000千円、代表者借入金1億8000万円)と現預金1億円があります。評価前に借入金をして現預金を増やし、土地の保有割合を90%以下にするといったような操作は全くありません。代表者から借入金は、4期前に銀行からの借入金を一部返済するために借りた借入金です。現在では代表者借入金の返済をしていませんが、現預金の全部を代表者借入金の返済に充てれば土地保有割合は90%を超えます。ただ、返済は今のところ考えていません。理由は、賃貸している倉庫が老朽化し、今後の修繕費が予想されるからです。現在も空調関係昇降機など修繕(見積2000万円程度)を行わなければならない状態です。

 B株式会社は、上記の会社の株式すべてを甲乙から買い取ります。
B株式会社
 事業内容 不動産賃貸
 株主  丙  代表取締役  2000株
     丁  丙の配偶者  1000株
     合計        3000株
 丁は甲乙の子供
発行済株式の総数      3000株

 甲乙からの買取総額   3億円  150千円×2000株
 買取の目的
  甲が所有するA株式を第三者(親族でない)に売却を予定していたのでこれを防ぐため
質問
 株式の時価算定は財産評価通達に基づいて算定しているので問題ないかと思いますが、算定した金額が純資産価額と大きく違いますので評価通達6「この通達の定めによって評価することを著しく不適当と認められる財産の価額」でないかと認定されないか懸念を持っています。

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