相当の地代で法人に賃貸していた土地上の建物を買取って数年後に建物の賃借人に譲渡した場合の借地権価額について

※ 事例の内容は発行日時点の情報に基づくものです

[質問]
 地主甲(A社の代表取締役であり土地を1/2所有)及び弟の乙(A社の株主であり土地を1/2所有)は、所有している土地を平成元年よりA社に賃貸し、A社はその土地に建物を建てて第三者X社に貸していました。甲及び乙とA社との土地賃貸借にあたっては権利金の授受はなく相当の地代方式を取っていました。無償返還の届出もしていません。
 平成28年10月に甲はA社より家屋を簿価で買い取っています。その際は相当の地代の授受があり借地権は無いと考えたようで、家屋のみの売買になっていました。
 令和2年1月に当該土地及び家屋をX社に売却したのですが、その際の譲渡所得の計算についてご教示下さい。
 底地については長期譲渡で構わないと思いますが、家屋及び結果的に無償で返還されてしまった借地権については短期譲渡の扱いの解釈で宜しいでしょうか。
 また、その場合売買代金を家屋、底地、借地権に分ける必要がありますが、下記の方法を考えております。
①? 土地については路線価を80%で割り戻した額、家屋は固定資産税評価額、この数値の比で按分
② 土地については、平成28年当時相当の地代のやり取りがあったので①による土地の売買代金の内20%を借地権分と考える。
 このような方法を考えておりますが、いかがでしょうか。他に何か方法等があればご教示ください。
 なお、今回の場合平成28年の法人税の申告では何も処理していませんので、甲に対しては役員賞与、乙に対しては寄付金等なにがしかの課税処理をすべきところであったかと承知しています。

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 平成元年に相当地代………
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