上場株式の配当に係る大口株主の判定について

※ 事例の内容は回答年月日時点の情報に基づくものです

[質問]
 令和5年10月1日以後の支払に係る配当から「配当を受ける個人株主の持株数」+「その個人株主の同族会社の持株数」の合計で3%以上であれば、個人の保有する株式に係る配当は総合課税になると思います。
 ある個人(以下「A」とする。)が、上場株式(以下「B社」とする。)の株数を2%保有しています。
 A以外の一族が出資している同族会社(以下「C社」とする。)がB社の株数を5%保有しています。
 またAの子が出資をする同族会社(以下「D社」とする。)が、C社の株式を1%ほど保有しています。
 この度、AはD社への出資を検討しています。
 この場合、AはD社の株主となります。
 D社はB社の株式を直接保有していませんが、C社がB社株を保有しています。
 Aは、D社へ出資した時点でC社株も間接的ではあるものの保有したことになりますので、大口株主の判定時にはC社が保有するB社の持株を合算して2%(個人保有)+5%(C社保有)=7%という判定になるのでしょうか。
 それともD社は、B社の株を直接保有していないため、個人保有の2%のみで判定することになりますか。

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 令和4年の税制改正………
(回答全文の文字数:689文字)