株式併合による生じる端株の発生とグループ法人税制の適用

※ 事例の内容は回答年月日時点の情報に基づくものです

[質問]
 個人Aが7割を保有する株式会社Xと個人Aが100%保有する株式会社Yがあります。
 株式会社Xで今般株式併合が行われ、端株についてはX社自身が買い取る予定となっています。端株の買取が完了したら、X社自身が保有する自己株式を除き、残りの株式は全て個人Aが所有することになります。よって、この時点でX社とY社は個人Aの完全支配関係下となり、グループ法人税制の適用があると思われます。一方X社が保有する株式をY社が買い取る予定もあります。
 完全支配関係とは100%保有下(自己株式や、持ち株会等の5%保有を除き)関係にあるため、端株が存在する時点では、X社とY社はグループ法人税制の適用は受けないということでよいのでしょうか。
 それとも端株には議決権はないので、株式併合が実施され端株が存在する時点でも、X社自身で買い取る予定で裁判所への許可を申し出ているのであれば、X社とY社はグループ法人税制の適用を受けますか。
 株式併合により生じる端株が発生するタイミングとグループ法人税制の適用について教えてください。それにより、Y社が購入するX社保有の株式に関し、譲渡損益を実現させるか否かの税務上の取扱いが異なります。

[専門家からの回答]  ※税理士懇話会が顧問契約している専門家の一覧はこちら

"1 支配関係及び完………
(回答全文の文字数:3485文字)