9年前に過大に損金に算入した土地の譲渡原価の修正について

※ 事例の内容は回答年月日時点の情報に基づくものです

[質問]
 法人A社は、9年前に自社の所有するP土地の一部を売却しましたが、その時、土地の原価として損金算入した金額を、経理担当者がうっかりP土地全部としてしまい、現在まで気づかずにいました(他にも自社所有の土地が複数あり)。
 しかし、今回売却しなかったP土地の一部に舗装工事をすることになり、改めて9年前の取引が間違っていたことに気づきました。
 そこで、今回過年度修正仕訳を起こして、P土地の残り(9年前の帳簿価額300万円)をB/Sに計上することにしましたが、このような処理に対して税務上の問題は発生しますか。過年度分として自主修正申告ができる期間はすでに過ぎてしまっていると思われるため、このような処理をすることにより、税務調整は行わないということになるのでしょうか。
 なお、税金の時効との関係はどのように考えたらよいでしょうか。

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ご高承のとおり、過年………
(回答全文の文字数:938文字)